Nelsinho Baptista iniciou sua carreira como técnico pelo São Bento, em 1985, pouco tempo depois de ter pendurado as chuteiras. Ainda passou por Ponte Preta, Inter de Limeira, Atlético-PR, Sporting Barranquilla, da Colômbia, e América-SP antes de se destacar no cenário nacional, o que aconteceu somente em 1990, quando levou o modesto Novorizontino até a decisão do Paulistão.

Embora tenha perdido o título daquele ano para o Bragantino, a campanha no Estadual chamou a atenção do Corinthians e o presidente Vicente Matheus resolveu apostar suas fichas em Baptista, que substituiu o ex-pugilista Zé Maria de Oliveira. O treinador assumiu a equipe na terceira rodada do Brasileiro. Era um time que contava com o talento de Neto, mas com jogadores mediados.

Nelsinho demonstrou competência logo na primeira temporada em que dirigiu o Alvinegro e conduziu o time na conquista do primeiro título brasileiro. Na decisão, venceu duas vezes o São Paulo do técnico Telê Santana, que na época contava com jogadores como Antônio Carlos, Cafu, Leonardo, Raí, Zetti, entre outros. De forma unânime, todos os jogadores atribuíram a conquista ao treinador.

Em 1991, Nelsinho renovou contrato e logo no início do ano conquistou a Supercopa do Brasil - torneio disputado em 1990 e 1991 entre os campeões do Campeonato Brasileiro e da Copa do Brasil. Porém o fracasso na Copa Libertadores (elimanado nas oitavas de final pelo Boca Juniors), na Copa do Brasil (quartas, pelo Grêmio) e no Brasileirão (primeira fase) culminaram na sua demissão.

Contudo, a saída durou alguns meses. Em 1992, ele foi contratado novamente por Matheus para substituir Basílio. Comandou o clube em pouco mais de dez jogos, pois assumiu na reta final do Paulistão, e pouco pode fazer. Em 1993, Nelsinho conduziu bem o time na temporada e chegou a decisão do Paulistão e do Torneio Rio-São Paulo, mas perdeu ambas para o Palmeiras e foi demitido novamente.

Nelsinho Baptista assumiu o Corinthians pela terceira vez em 1996, quando comandou o time nas últimas rodadas do Brasileirão. No ano seguinte contou com o a contratação de reforços como André Luís, Antônio Carlos, Donizete e Túlio e conquistou o Campeonato Paulista-1997. Na Copa do Brasil chegou até as semifinais, mas foi eliminado pelo Grêmio. No Torneio Rio-São Paulo foi eliminado na primeira fase e no Brasileirão, principal objetivo da temporada, fez uma péssima participação e acabou saindo. Foram contratados mais dois técnicos (além de Wilson Coimbra, como interino) e o clube brigou para não ser rebaixado.

Dez anos depois, na reta final do Brasileiro-2007, Nelsinho assumiu o Corinthians pela quarta vez. Dessa vez a missão era evitar o rebaixamento. Com apenas 11 rodadas para o término da competição, o treinador conseguiu um aproveitamento de apenas 33% dos pontos e na última rodada, com o empate com o Greêmio, o time foi rebaixado. Foram apenas duas vitórias, cinco empates e quatro derrotas. Como o contrato do treinador era até o final do campeonato, Nelsinho foi dispensado do clube e assumiu o Sport. O último encontro do treinador com o clube foi na final da Copa do Brasil-2008, quando faturou o título pelo rival.

Nelsinho Baptista é o segundo técnico com mais partidas pelo clube e o segundo com mais conquistas oficiais. Em 192 jogos sob o comando do time, foram 84 vitórias, 66 empates e 42 derrotas, 277 gols marcados e 203 sofridos. Foi campeão do Campeonato Brasileiro-1990, da Supercopa do Brasil-1991 e do Campeonato Paulista-1997. Teve aproveitamento de 55% dos pontos disputados.

Nome: Nelson Baptista Júnior
Nascimento: 22/07/1950, Campinas (SP)
Principais clubes: São Bento (1985), Ponte Preta (1985-1986; 2000-2001; 2007), Internacional Limeira (1986), Atlético-PR (1987-1988), Sporting Barranquilla (1989), América-SP (1989), Novorizontino (1990), Corinthians (1990-1991; 1992-1993; 1996-1997; 2007), Guarani (1991), Palmeiras (1992-1993), Al Hilai (1993-1994), Verdy Kawasaki (1994-1996), Internacional (1996), Cruzeiro (1997), São Paulo (1998; 2001; 2002), Colo Colo (1999), Portuguesa (2000), Goiás (2002-2003), São Caetano (2003; 2006), Nagoya Grampus (2003-2005), Santos (2005), Sport (2008-2009) e Kashima Reysol (2009)
Principais títulos: Sport: Copa do Brasil (2008) e Campeonato Pernambucano (2008 e 2009); São Paulo: Campeonato Paulista (1998); Corinthians: Campeonato Brasileiro (1990), Supercopa do Brasil (1991) e Campeonato Paulista (1997); Verdy Kawasaki: Campeonato Japonês (1994 e 1995), Copa Nico’s (1994 e 1995) e Copa Nabisco (1995); Atlético-PR: Campeonato Paranaense (1988)
Estreia: Vitória 0x0 Corinthians (02/09/1990)
1ª Reestreia: Santo André 0x1 Corinthians (15/10/1992)
2ª Reestreia: Vasco da Gama 0x0 Corinthians (29/09/1996)
3ª Reestreia: Corinthians 1x2 Sport (29/09/2007)